Ortodoksinen Lähetys aloitti toimintansa 1970-luvun lopulla ja Ortodoksisen kirkon ulkomaanapu Ortaid perustettiin 2000-luvun alussa vastaamaan lähialuetyön ja humanitaarisen avun haasteisiin. Ajatus kahden ortodoksisen kirkon kansainvälistä työtä tekevän järjestön yhdistämisestä ei 2010-luvun alkupuolella ollut uusi.
Valamon opiston kutsumana kokoontui jo vuonna 2004 edellä mainittujen järjestöjen kanssa Pyhien Sergein ja Hermanin Veljeskunta (PSHV), Ortodoksisten nuorten liitto (ONL) ja Ortodoksinen Opiskelijaliitto (OOL) miettimään eri vaihtoehtoja yhteistyölle. Pohdittiin, voisiko olla olemassa yksi yhteinen järjestö, jonka alle tuodaan usean järjestön työalat? Tämä idea ei saanut riittävän suuria siipiä alleen, mutta ajatus jäi kytemään. Voisiko yhdistää lähempänä toisiaan olevien järjestöjen työaloja yhteen organisaatioon?
Käytännön tasolla Lähetys ja Ortaid tekivät yhteistyötä muuttamalla toimistonsa samaan paikkaan Helsingin Mellunmäkeen ortodoksisen seurakunnan tiloihin vuonna 2005. Järjestöt alkoivat julkaista yhteistä tiedotuslehteä ja tehdä yhteistyötä kaikessa, missä se oli luontevaa.
Joulukuussa 2008 Lähetyksen ja Ortaidin hallitukset kokoontuivat yhteen ja päättivät perustaa työjaoksen, jonka tehtäväksi tuli selvittää järjestöjen tulevaisuuden yhteistyönäkymiä. Tammikuussa 2009 työjaos esitti perustettavaksi Ortodoksisen kirkon ulkomaantyö ry:n. Kesti vielä muutaman vuoden, että muutokseen oltiin valmiita riittävän monella tasolla ja laajemmalla rintamalla.
Yhdistyskokoukset päättivät vuoden 2012 aikana yhdistymisestä ja jäseniltä pyydettiin nimiehdotuksia. Teknisesti uusi järjestö rakennettiin Ortaidin ympärille muuttamalla säännöt ja siirtämällä Lähetyksen toiminta ja omaisuus Filantropiaan. Yhdistystodellisuudessa oli järkevämpää jatkaa olemassa olevan järjestön työtä kuin lakkauttaa molemmat ja perustaa uusi. Ortodoksisen kirkon kansainvälinen diakonia ja lähetystyö Filantropia ry aloitti toimintansa vuoden 2013 alussa.
Ensimmäisenä vuonna Filantropia toimi kolmella mantereella. Lähetys- ja diakoniatyötä tehtiin Keniassa, Tansaniassa ja Venäjän Karjalassa, kehitysyhteistyöhankkeita Etiopiassa ja Moldovassa, ja humanitaarista apua välitettiin Syyriaan ja Filippiineille. Kotimaassa alkoi kaksivuotinen viestintä- ja globaalikasvatushanke ”Katso ihmistä – valintoja levottomassa maailmassa”, jonka puitteissa julkaistiin peruskoulun oppitunneille tarkoitettu Maailman kaverikirja. Maailma kylässä -festivaaleille osallistuttiin toista kertaa.
Ortodoksisen kirkon kanssa solmittiin viisivuotinen yhteistyösopimus, mikä toi järjestötyöhön kaivattua ennakoitavuutta ja pitkäjänteisyyttä. Filantropialla oli toimintavuonna kolme työntekijää sekä yksi määräaikainen projektityöntekijä ja yksi harjoittelija.
